自从巫女进山以来，已经过了快1年了。
博丽神社的危机也避免了，没发生任何事，就这样和往常一样，炎热的夏天来了。
但是，巫女却被这连续干旱的异常气象所烦恼。
为何在这梅雨季节里，神社几乎连一场雨都没下。
不止如此，雨不间断的森林，经常因为浓雾而看不到的洋馆，不存在于这季节的雪……
异常气象到此为止，已经是非常严重的异变了。

了解这异常气象实情的人，一个都没有。
但是，如果仔细观察一下的话，谁都应该看得很清楚了吧。
周围时常持续晴天，周围时常持续细雨，周围时常被浓雾所包围的人……
对，这气象现象仅仅只是在个人的身边发生。

各种各样的气象现象交织在一起的时候，就开始变成了真正的异常气象吧。
当窥视到异常气象的原因时，异变解决战争开战的信号在大地响起：
——足以震塌神社的大地震。
正因为这个地震，只有在神社的巫女才能感到，所以让她出山调查异变解决的理由已经很充分了。